小麦根腐病表现为:根部产生褐色或黑色病斑,最后腐烂,病株表现出“假旱象”并出现“枯白穗”,然后成片干枯死亡。多湿地区除以上症状外,还引起叶斑、茎枯、穗颈枯。幼苗受侵,芽鞘和根部变褐甚至腐烂;严重时,幼芽不能出土而枯死;在分蘖期,根茎部产生褐斑,叶鞘发生褐色腐烂,严重时也可引起幼苗死亡。成株期在叶片或叶鞘上,最初产生黑褐色梭形病斑,以后扩大变为椭圆形或不规则形褐斑,中央灰白色至淡褐色,边缘不明显。种子、幼芽、幼苗、成株根系、叶片、茎和穗都可受害,出现症状复杂多样。幼芽和幼苗的种子根变褐色,幼芽腐烂不能出土。出土幼苗近地面叶上散生圆形褐色病斑,严重时病叶变黄枯死。芽鞘上生褐色条斑。成株根上的毛根和主根表皮脱落,根冠变褐色。茎基部出现褐色条斑,严重时茎折断枯死。叶上初生许多黑色小点,后扩大呈梭形,中部枯黄色,周围有退绿晕圈。病斑两面出现黑色霉层,即病原菌的分生孢子梗和分生孢子。叶上病斑相连时,叶片枯死。穗部的颖壳基部变褐色,表面密生黑色霉层,穗轴和小穗轴常变褐色腐烂,小穗不实或种子不饱满。种子胚局部或全部变褐色形成“黑胚粒”。种子表面也生梭形或不规则形褐斑。症状表现常因气候条件而异。在干旱或半干旱地区,多产生根腐型症状。在潮湿地区,除小麦根腐病症状外,还可发生叶斑、茎枯和穗颈枯死等症状。幼苗:病重的种子不能发芽或发芽后未及出土,芽鞘即变褐腐烂。轻者幼苗虽可出土,但茎基部、叶鞘以及根部产生褐色病斑,幼苗瘦弱,叶色黄绿,生长不良。叶片:幼嫩叶片或田间干旱或发病初期常产生外缘黑褐色、中部色浅的梭形小斑;老熟叶片,田问湿度大以及发病后期,病斑常呈长纺锤形或不规则形黄褐色大斑,上生黑色霉状物(分生孢子梗及分生孢子),严重时叶片提早枯死。叶鞘上为黄褐色,边缘有不明显的云状斑块,其中掺杂有褐色和银白色斑点,湿度大,病部亦生黑色霉状物。穗部:从灌浆期开始出现症状,在颖壳上形成褐色不规则形病斑,穗轴及小穗梗易变色,潮湿情况下长出一层黑色霉状物(分生孢子梗及分生孢子),重者形成整个小穗枯死,不结粒,或结干瘪皱缩的病粒。一般枯死小穗上黑色霉层明显。籽粒:被害籽粒在种皮上形成不定形病斑,尤其边缘黑褐色、中部浅褐色的长条形或梭形病斑较多。发生严重时胚部变黑,故有“黑胚病”之称。