需要防治的病害主要有:西红柿早疫病、晚疫病、绵疫病、灰霉病、叶霉病、细菌性溃疡病、细菌性斑点病、病毒病、枯萎、脐腐病、猝倒病、立枯病、茎基腐病、菌核病、白绢病、煤霉病、黄萎病、斑枯病、芝麻斑病、灰叶斑病、茎枯病、白粉病、炭疽病、细菌性斑疹病、青枯病、疮痂病、根结线虫病等。防治的虫害主要有:白粉虱、根结线虫、蚜虫、蓟马、棉铃虫、烟青虫、苜蓿夜蛾、茄黄斑螟、马铃薯块茎蛾、西红柿木虱、二十八星瓢虫、美斑潜蝇、吸果夜蛾、枯叶夜蛾、跳虫、神泽叶螨、茶黄螨、红蜘蛛、菜青虫、地老虎等。
番茄早疫病主要侵染植株茎、叶、花和果实。在高温多湿条件下容易发病且整个生育期均可染病。番茄早疫病主要以病残体越冬,发病时从下部叶片开始逐渐向上蔓延,严重时下部叶片全部枯死。叶片染病初期出现小黑点,然后以黑点为中心不断扩展形成轮纹斑。果实染病开始于花萼附近形成凹陷斑,后期果实开裂密生黑色霉层并提早变红。