此病主要为害叶片,也能为害嫩枝、幼果和果柄,还可为害转主寄主桧柏。叶片初患病正面出现油亮的橘红色小斑点,逐渐扩大,形成圆形橙黄色的病斑,边缘红色。发病严重时,一张叶片出现几十个病斑。发病1~2周后,病斑表面密生鲜黄色细小点粒,即性孢子器。叶柄发病,病部橙黄色,稍隆起,多呈纺锤形,初期表面产生小点状性孢子器,后期病斑周围产生毛状的锈孢子器。新梢发病,刚开始与叶柄受害相似,后期病部凹陷、龟裂、易折断。幼果染病后,靠近萼洼附近的果面上出现近圆形病斑,初为橙黄色,后变黄褐色,直径约10-20毫米。病斑表面也产生初为黄色、后变为黑色的小点粒,其后在病斑四周产生细管状的锈孢子器,病果生长停滞,病部坚硬,多呈畸形。嫩枝发病,病斑为橙黄色,梭形,局部隆起,后期病部龟裂。病枝易从病部折断。苹果锈病危害幼果、新梢、叶柄、幼叶等绿色幼嫩组织。初期通常会在苹果叶呈现出油亮橘红色圆点,大小为1至2厘米。随着时间的推移病症、病斑会不断严重、不断扩大,最后中间部位的颜色会越来越深,而外围的颜色则相对较浅。此时中央部位会长出非常多的黑色小点。在阴天摘除外袋,上午10点至下午4点摘除为宜。在摘除外袋后,经高温光照锻炼3-5个天后,于阴天或多云天气摘除内袋。若没有合适的阴天,则要于上午10时至下午4时摘除内袋。一般上午摘除树冠东、北方向的内层袋,下午摘除树冠西、南方向的内层袋,避免日灼发生。