辣椒根腐病主要危害辣椒根茎部及维管束。发病初始，病株枝叶特别是顶部叶片稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复；发病中期，病株初期症状反复2-4天后，顶部叶片无法恢复，萎蔫症状向中下部扩散，浇水也无法减轻症状，再经2-3天，全株叶片全部娄蔫，但叶片仍呈绿色。发病后期，病株的根茎部呈淡褐色或深褐色，植株发育不良，较矮小。后期病株白天萎蔫，傍晚至次日清晨尚可恢复，反复多日后植株枯死。
早春和初夏阴雨连绵、高温、高湿、昼暖夜凉的天气有利发病，种植地低洼积水，田间郁闭高湿，茎节受蝼蛄为害伤口多，或施用未充分腐熟的土杂肥，会加重病情。连作地、低洼地、粘土地发病重。加强栽培管理，同一地块高垄栽培比低垄栽培明显发病轻，用塑料薄膜覆盖发病轻，因此建议菜农应高垄栽培并用塑料薄膜覆盖。
