病菌主要借雨水反溅,也可通过昆虫、农事操作等传播,从根或茎部的伤口侵入,经潜育后在植株内繁殖,并向上部蔓延扩展,破坏细胞组织。病菌喜高温高湿环境,适宜发病温度范围为10-40℃,最适发病环境为土壤温度20-25℃,土壤pH6.6,最适感病生育期为座果期。辣椒青枯病属于细菌性土传病害,通过伤口侵染,通常在连作、土壤湿度大的田间发生,土温达20℃时出现发病中心,25℃时进入发病高峰期,气温骤升会加重病害。发病初期,细根部位出现褐变;后期叶片表现为焦枯状,整株呈现青枯病症状。初期仅表现为最幼嫩的1至几片叶萎蔫,最初萎蔫尚可恢复,条件合适时2-3天即可全株萎蔫。叶片从下向上变黄退绿,后期呈褐色焦枯。气温偏低、空气湿度较大或品种较抗病时,植株茎上常产生不定根和气生根。病茎剖面初期导管呈黄色或淡褐色。