病菌以菌丝和菌核在土中或发病组织上随病残体越冬。翌年以菌丝侵入寄主，形成初次侵染，随病土、带菌肥料和浇水传播，引起再侵染。地温10～28℃均可侵染发病，以16～20℃为最适。土壤过干过湿，砂土地或幼苗徒长、温度不适等均有利于发病。长江流域几乎全年都可发病。在哈密瓜生长苗期、伸蔓期至结瓜期都可发生，其中以果实膨大期为发病高峰。哈密瓜枯萎病典型症状是萎蔫，幼苗发病时子叶萎蔫或全株萎蔫，呈猝倒状。发病初期病株叶片自下而上逐渐萎蔫，似缺水状，中午更为明显，早晚尚能恢复，数日后整株叶片萎蔫下垂，不能再恢复正常，全株死亡。