苹果主要病害有苹果斑点落叶病、苹果白粉病、苹果树腐烂病、苹果褐斑病、苹果轮纹病、苹果黑星病、苹果炭疽病、胴腐病、早期落叶病、霉心病、褐腐病、根癌病、锈果病、日本菟丝子、槲寄生、白纹羽病、根朽病、紫纹羽病、疮皮病、火疫病、褪绿叶斑病等。苹果树常见的虫害有叶螨、桃小食心虫、小卷叶蛾、苹果小食心虫、苹果褐卷叶蛾、顶梢卷叶蛾、蚜虫类、苹果小吉丁虫、金龟子类、象类、枣尺蠖、柿星尺蛾、褐刺蛾、黄蛾、扁刺蛾、苹果鞘蛾、梨星毛虫、黄褐天幕毛虫、红蜘蛛、二斑叶螨、食心虫类、金纹细蛾、卷叶蛾类、苹果黄蚜、介壳虫类、苹果绵蚜等。
1、苹果花叶病：叶片上出现淡黄色斑点，叶斑无特定大小和形态，有时沿大叶脉形成带状斑，严重时叶片局部或全部褪绿，会造成树体长势衰退、产量降低、单果重下降等慢性危害。
2、苹果锈果病：病果症状表现为谢花后1个月左右，果实顶部出现颜色稍浓的水渍状变色部分，渐扩大成为规格整齐的5条纵纹，恰与心室顶部相对。
3、苹果绿皱果病：树谢花感病20天后，果面出现水渍状凹陷斑块，继而果面凹凸不平生长畸形，病果内部的凹陷斑下，维管束呈绿色，弯曲变形，有的无明显凹陷斑，但产生木栓化小丘状突起或条沟，但果面会产生浓绿色斑痕，斑痕处也木栓化。
4、苹果褪绿叶斑病毒：属于潜隐病毒，感病树枝干木质部表现出凹陷斑沟，叶片向背面弯曲，植株衰退。
5、苹果茎沟病毒：属于潜隐病毒，感病树叶片变黄，嫁接口坏死树势衰退，能引起苹果衰退病的发生，致树体衰退乃至死亡。
