水分含量过高会形成厌氧环境，抑制好氧菌繁殖，导致堆腐臭和养分损失；水分含量过低则会抑制微生物活性，减缓分解过程。最适宜的水分含量在60%左右，用手攥湿润秸秆时有湿润感但无水滴出即为适宜。空气条件同样影响微生物活性，氧气不足会阻碍微生物对秸秆的氧化分解。良好的好氧环境能维持微生物呼吸，加快堆沤腐熟过程。但若沤堆疏松通气性过大，易引起水分蒸发，形成过度干燥条件，抑制微生物活性。适宜的秸秆沤堆容积比为固体40%、气体30%、水分30%，最佳容重应保持在500~700千克/立方米。秸秆粗细程度与空气条件直接相关，侧切较短的秸秆微生物繁殖速度和腐熟进度较快，熟化均匀度较高。但铡切过短会减少物料间空隙，恶化沤堆通透性，降低好氧微生物活性和数量，减缓分解速度，产生堆腐臭。一般秸秆铡切长度以不小于5厘米为宜。