辣椒的花芽分化一般在幼苗期后期开始，早春地膜覆盖栽培的由于温度较低，通常在幼苗的4叶期进行；初夏栽培的由于温度较高，在3叶期就开始花芽分化。从播种到幼苗花芽分化，大约需要30~50天，育苗期长短根据外界温度决定。
辣椒早疫病是由半知菌亚门链格孢属茄链格孢菌侵染所致的病害。该病以菌丝体及分生孢子随病残体在田间或种子上越冬，次年产生新的分生孢子，借助风、雨水、昆虫等传播。病菌从气孔、伤口或表皮直接侵入，潜育期3～4天，病部产生大量分生孢子进行再侵染。秧苗老化衰弱、过密、湿度过大、通风透光不良等容易导致病害发生，定植过迟、土壤潮湿、透气不良等会加速病害蔓延。
