辣椒常见的病害有病毒病、黄萎病、菌核病、疫病、炭疽病、灰霉病、绵疫病、青枯病、疮痂病、软腐病、猝倒病、立枯病等,常见的虫害有茶黄螨、蚜虫、大地老虎、白粉虱、甜菜夜蛾、烟青虫、棉铃虫等。辣椒脐腐病主要为害果实,初出现暗绿色或深灰色水渍状病斑,后扩展为直径可达2-3厘米的病斑。随着果实的发育,病部呈灰褐色或白色扁平凹陷状,病部可以扩大到半个果实。病果常提前变红,一般不腐烂。有时湿度过大,即使腐烂也没有臭味。受害后果实表皮发黑,逐渐形成边缘褐色的水浸状病斑,病斑中部呈扁平状革质化。后逐渐扩大,有时可占据果面的1/3~1/2,颜色变污褐色,病部边缘色深,病健界限分明。变褐的部分与正常的相比较为疲软。当外界条件非常潮湿时,病斑表面可出现黑色霉斑。有的果实在病健交界处开始变红,提前成熟。辣椒软腐病的主要表现症状,病斑为淡褐色,果肉腐烂有臭味,有时果实变形,好像在袋子里装满了泥水,俗称“一兜水”。