为了让辣椒长势更好、产量更高，建议辣椒在定植缓苗后通过通风降温、拉大昼夜温差来预防苗期旺长。一般情况下，在辣椒缓苗后到开花前建议把棚室内的温度调控在白天25度左右、夜间15-16度左右；在辣椒进入到开花结果期时，建议把棚室内温度调控在白天25-28度、夜间13-17度、昼夜温差10-12度左右。当温度低于12度时应当及时增温，当温度高于30度时应当及时遮阳通风降温。
不同的地块、年份和植株需要因材施教。瘠薄地发秧慢，株型小，株高低，一般在辣椒门椒采摘前后打叉，促进根系发育，避免疯长。肥沃土地打叉时间尽量提前，在开花初期即可打叉防止旺长。如果苗期雨水较多，生长势较旺，适当提前打叉，降低株高和结果部位。如果出现疯长，在20厘米左右掐顶或剪掉。
不同辣椒苗采取不同的方法。旺长苗，开花结位高，可以20厘米截掉主干，选留2～4个侧枝成为主枝。发育正常的辣椒苗，保留门椒以上的枝条，去除以下的所有分枝。瘦弱苗则延迟整枝打叉。总结起来，旺长苗提前去头，壮苗保留门椒以上2～4分枝，弱苗等到开花结果后再整枝打叉。过程中，见到病虫叶片和枝条，一律处理干净。辣椒株型很容易培养，不必担心产量降低。