防治油菜菌核病的关键在于预防，药剂预防最佳适期为油菜盛花期。由于常规人工防治法在盛花期难以入田施药，具体施药时间可按施药方法而定：采用飞防施药，时间掌握在油菜盛花期；采用人工防治法，时间掌握在油菜开花初期用药。如施药后遇连阴雨天气，建议抢晴再用药预防1次。
防治药剂可采取油菜菌核病和蚜虫混配防治，每亩可用25%咪鲜胺乳油50毫升+25%吡蚜酮水分散粒剂20克，或50%异菌脲可湿粉50克+10%吡虫啉可湿粉30克，或50%腐霉利可湿粉100克+5%啶虫脒乳油25毫升，任选1种，加水40公斤喷雾。防治油菜霜霉病可选用霜脲·锰锌或甲霜·锰锌等。菌核病、霜霉病、黑腐病会危害到油菜的叶片、花、荚果，可采用多菌灵、甲基托布津等药剂防治，同时摘除病叶、病枝。
