任何病害的发生流行均包括三个主要环节:病原的存活、传播和浸染。栽培措施不当或异常气候条件,如肥害伤根、连续阴雨甚至涝害等,会大幅增加感病几率。田间使用肥料过多,在低温缺氧条件下分解,产生硫化氢、有机酸等有毒物质,导致水稻根系发黑甚至死亡。水稻秧苗生长期间频繁遭遇低温,土壤中的寄生菌或腐生菌危害秧苗根系,引起烂秧。稻田土壤透气性差或长期积水,使水稻根系无法获得足够氧气,导致发黑腐烂。除草剂或肥料使用不当引起的药害或肥害,也可能导致根部腐烂。水稻感染立枯病时,根系部位会出现褐色霉层,严重时导致腐烂。