防治方法包括选用抗病和耐病品种，使用无病土或大田土育苗，施用不带病残体或充分腐熟的有机肥，也可采用基质育苗，并防止人为传播。收获后应彻底清除病根残体，深翻土壤，翻耕混匀后挖沟起垄或作畦，灌满水后盖好地膜并压实。移栽时发现病株应及时剔除。发病重的地块最好与禾本科作物轮作，水旱轮作效果最佳。在夏季换茬时，深耕翻土25厘米以上，同时增施充分腐熟的有机肥；或把25厘米以内表层土全部换掉。苦瓜拉秧后，及时清除病残根，深埋或烧毁，铲除田间杂草。
合理轮作，发生根结线虫病害严重的地区多是连作或重茬严重，建议与葱蒜类、禾本科作物轮作，不宜与番茄、黄瓜、辣椒等瓜果类蔬菜连作。嫁接栽培的苦瓜根系发达、粗壮，有利于提高根系活力，克服连茬障碍，有效降低枯萎病、根腐病及根结线虫的发生，有利于提高苦瓜的产量和品质。调控温度抑虫，夏季高温闷棚，露地采用深耕翻晒；冬季低温冻垡，均有利于抑制线虫的发生。
药剂防治可选用的药剂有阿维菌素(主要成分是B2)、噻唑膦等，也可选淡紫拟青霉、厚孢轮枝菌等生物农药。常用配方有：阿维菌素+氨基寡糖素、阿维菌素+壳聚糖+生根剂，灌根或随水冲施。药剂处理土壤在播种或定植前根据药剂性质进行，可选用1.8%虫螨杀星(阿维菌素)乳油0.5～1千克/亩对水均匀施于苗床，或施于定植沟或定植穴后再播种或定植。发病初期，用50%辛硫磷乳油1000～1500倍液，或90%敌百虫800～1000倍液灌根，每株灌对好的药液500毫升，间隔10—15天再灌根1次，能有效地控制根结线虫病的发生。
