甜瓜主要虫害有瓜蚜、瓜叶螨、温室白粉虱、守瓜、潜叶蝇及地下害虫蟋蟀、地老虎、金针虫、种蝇、脐螬、蝼蛄等。甜瓜病害常见的有猝倒病、枯萎病、蔓枯病、疫病、炭腐病、白粉病、霜霉病、炭疽病、叶枯病、细菌性叶斑病、病毒病、寄生性植物瓜列当及菟丝子、寄生线虫和生理性病害(如日灼病、裂瓜和缺素病)等。其中,甜瓜猝倒病多在低温多湿环境中发生,主要发生在甜瓜苗期,病情严重时会使幼苗萎焉死亡,其病菌能够在土壤中长期生存,会通过灌溉流水等介质传播。主要的病虫害包括蚜虫、菜青虫、螨类,炭疽病、灰霉病、蔓枯病、枯萎病、霜霉病、白粉病、菌核病、角斑病、疫病、青枯病、叶枯病等。