重茬的危害包括土壤理化性质的恶化及次生盐渍化、土壤养分的失衡、作物的自毒现象以及土壤生态环境的破坏。连年种植会破坏土壤团粒结构，导致土壤板结和通透性变差，大量施用化肥则引发土壤次生盐渍化及酸化，影响土壤养分的有效性，进而引发生理性病害。同种作物对营养元素的吸收选择性一致，加之施肥相对固定，导致土壤养分不均衡，作物体内养分比例失调，容易出现缺素症状，最终使生育受阻，产量和品质下降。病原微生物的代谢产物、植物残体及根系分泌物会对同茬或下茬的同种或同科作物生长发育产生抑制作用。土壤理化性质的改变和作物特有的根系分泌物影响根际微生物的种类，长期连作抑制有益微生物如固氮菌、光合菌、放线菌的生长繁殖，促使有害微生物大量繁殖，导致土传病害严重，制约作物生长发育。农作物在苗期易出现死苗、烂棵、萌发苗弱、不发根等现象，生长不健壮，抗病能力弱，易滋生生理性病害，感染病害、虫害、早衰，出现提前拉秧现象，最终导致作物减产，严重影响经济效益。