病菌主要在土壤中越冬，通过昆虫、雨水或灌溉水等从伤口侵入，发病后可通过雨水或灌溉水传播蔓延。主要发生于叶柄基部或茎上。在环境条件合适时，病菌借雨水、浇灌水及传病虫豸如黄条跳甲、菜青虫等传播，从植株根部的天然裂口、机械造成的伤口、害虫所致伤口侵入，并进入导管潜伏滋生，引起首次、再次感染。
芹菜软腐病发病原因：1、芹菜软腐病在保护地和露地均有发生。夏、秋露地较常见，冬季保护地发病更为严重。2、芹菜种植密度和土壤湿度过大，连作或与十字花科、茄科等蔬菜轮作，机械损伤或昆虫为害，芹菜容易发病。3、芹菜软腐病的病菌适宜生存温度为25℃～30℃，所以阴雨连绵、地面潮湿的情况下最易致病，重茬、低洼、连续阴天下雨、农事操作粗糙的地块发病重。
芹菜软腐病是由细菌胡萝卜软腐欧氏杆菌感染所导致，主要随病株残存构造遗留在田间或堆肥中越冬。除危害芹菜外，还能危害胡萝卜、黄瓜及十字花科蔬菜萝卜、大白菜等20多种蔬菜水果。
