辣椒根腐病与立枯病在症状表现、发病规律、病原体和防治方法上存在明显区别。立枯病主要危害幼苗茎基部或地下根部,初期为椭圆形或不规则暗褐色病斑,后期发病部位逐渐凹陷、溢缩,而根腐病发病时会造成根部腐烂,整株叶片发黄、枯萎,最后全株死亡。立枯病发病时,菌丝和菌核在土壤或寄主病残体上越冬,腐生性较强,可以在土壤中存活2-3年,发病适温为17-28℃,而根腐病发病后,病菌同样在土壤中和病残体上过冬,发病高峰期为5月份。立枯病主要由立枯丝核菌引起,属于半知菌亚门真菌,除茄科、瓜类蔬菜外,豆科、十字花科等蔬菜也会被害,而根腐病是一种由真菌引起的病害,一般会出现在受到地下害虫侵袭的植物上。发生立枯病和根腐病之后,要深翻土壤25-30厘米,将表土的病菌和病残体翻入土壤深层腐烂分解,植株出苗后,及时剔除病苗,雨后中耕以破除土壤板结,增强植物的抗病力,发病严重时用恶霜嘧铜菌酯喷洒救治。辣椒根腐病是由腐皮镰孢霉等引起的,主要危害辣椒根茎部及维管束;辣椒立枯病俗称死苗、霉根,是由立枯丝核菌侵染所引起的,是辣椒苗期常见病害。