水稻恶苗病在病谷粒播后会出现不发芽或不能出土的症状。苗期发病时,病苗比健苗细高,叶片叶鞘细长,叶色淡黄,根系发育不良,部分病苗在移栽前死亡,会出现淡红或白色霉粉状物。感染恶苗病的稻株会出现干枯现象,随着病害加重,逐渐出现死苗情况。恶苗病的一个重要症状是徒长,患病的稻株相比正常稻株能高出1/3左右,根系发黑。另一个症状是倒生根,患病植株与正常植株外观相似,不易被发现,有些甚至到20-30天内才出现枯死。发病时,水稻苗细高,叶子淡黄色,根系发育不良,严重时病苗枯死,枯死苗上能看到淡红或白色霉粉状物质。病苗因根系发育不良,生长纤细、瘦弱,全株淡黄绿色,比健株高出近1/3,叶片较窄,大部分病株移栽前即枯死,少数病株移栽后25天内枯死。空气湿度大时在枯死苗近地面部分有时产生淡红色或白色霉状物。带菌秧苗节间明显伸长,表现徒长,比健株高,叶色淡黄绿色,分蘖少或不分蘖,下部茎节节间逆生出许多白色或黄褐色的不定须根,剥开叶鞘,可见茎秆上有暗褐色条斑,剖开病茎可见生有白色的霉物,以后茎秆腐朽,植株逐渐枯死。发病轻的病株会提前抽穗,穗形短小或籽粒不实,有的变成白穗。发病重的病株一般在抽穗前或抽穗后即枯死,枯死病株的表面长满淡红色或白色粉霉。近几年在本田期还有“正常型”、矮化型和早穗型等几种症状混合发生。发病的植株一般抽穗较早,病轻的植株有的无明显症状,但内部有菌丝潜伏;有的仅在谷粒基部或变为褐色,穗小,谷粒少,或为不实粒。病重的植株谷穗严重的变褐,不能结实变成瘪粒,有的病粒谷壳的内外颖合缝处着生有浅红色霉层。