病菌在土壤中和未腐熟的带菌肥料中越冬,离开寄主后能存活5-6年,部分病菌可存活10年以上。西瓜枯萎病菌主要通过根部伤口或根毛顶端细胞间隙侵入,先在寄主管壁细胞间和细胞内生长,随后进入维管束,在导管内发育。病菌分泌果胶酶和纤维素酶,分解破坏细胞,使导管内积累果胶类物质,堵塞导管,影响水分运输,导致植株萎蔫。该病主要靠含菌土壤传播,重茬种植时土壤中病菌较多,病株率可达70%左右,病残体、病粪及种子亦可传病。幼苗发病时呈立枯状。定植后,下部叶片枯萎,随后整株叶片枯死。茎基部缢缩,出现褐色病斑,有时病部流出琥珀色胶状物,其上生有白色霉层和淡红色粘质物(分生孢子)。茎的维管束褐变,有时出现纵向裂痕。根部褐变,与茎部一同腐烂。