主要为害叶片，也侵害茎、荚及种子。带病种子长出的幼苗，子叶上现半圆形深褐色凹陷斑，天旱时病情扩展缓慢，低温多雨时，病害扩展到生长点，病苗枯死。成株叶片染病初现褪绿小圆斑，后逐渐形成中间灰色至灰褐色，四周褐色的蛙眼斑，大小2～5mm，有的病斑呈椭圆或不规则形，湿度大时，叶背面病斑中间生出密集的灰色霉层，发病重的病斑布满整个叶片，融合或致病叶干枯。茎部染病产生椭圆形病斑，中央褐色，边缘红褐色，密布微细黑点。荚上病斑圆形或椭圆形，中央灰色，边缘红褐色。豆粒上病斑圆形或不规则形，边缘暗褐色，中央灰白，病斑上霉层不明显。
大豆灰斑病主要危害成株期叶片，也可侵染茎、荚及种子。带菌种子长出的幼苗和子叶片出现圆形或半圆形深褐色凹陷斑，气候干燥时，病斑扩展缓慢。当气候适宜、低温多雨时，病斑可蔓延至生长点，使幼苗枯死。成株期叶片染病，初生红褐色小圆斑，后逐渐扩展成圆形或不规则形，中间灰色至灰褐色，边缘红褐色，病健交界明显。病斑背面密生灰色霉层，严重时病斑遍布整个叶片，互相合并，使病叶干枯早落。茎上病斑纺锤形，边缘深褐色或黑色，中部为黑灰色稍凹陷。
灰斑病菌孢子萌发温度是基础，湿度是关键，孢子萌发最低温度为12℃，以21—26℃为最适，超过35℃萌发率明显降低。萌发的最低湿度为65%—75%，湿度越大萌发率越高。黑龙江省大豆灰斑病发病初期是7月初，8月下旬至9月初达到高峰，如果7月上旬到8月中旬雨量大，雨天多，相对湿度大，发病就重。
