该病症状因气候条件而不同。在干旱半干旱地区,多引起茎基腐、根腐;多湿地区除以上症状外,还引起叶斑、茎枯、穗颈枯。幼苗受侵,芽鞘和根部变褐甚至腐烂;严重时,幼芽不能出土而枯死;在分蘖期,根茎部产生褐斑,叶鞘发生褐色腐烂,严重时也可引起幼苗死亡。成株期在叶片或叶鞘上,最初产生黑褐色梭形病斑,以后扩大变为椭圆形或不规则形褐斑,中央灰白色至淡褐色,边缘不明显。在空气湿润和多雨期间,病斑上产生黑色霉状物,用手容易抹掉。叶鞘上的病斑还可引起茎节发病。穗部发病,般是个别小穗发病。小穗梗和颖片变为褐色。在湿度较大时,病斑表面也产生黑色霉状物,有时会发生穗枯或掉穗。种子受害时,病粒胚尖呈黑色,重者全胚呈黑色。根腐病除发生在胚部以外,也可发生在胚乳的腹背或腹沟等部分。病斑梭形,边缘褐色,中央白色。此种种子叫"花斑粒"。小麦根腐病主要为害幼苗或成株的根、茎、叶、穗和种子,全生育期均可引起发病,苗期引起根腐,成株期引起叶斑、穗腐或黑胚。病菌可寄生也可腐生,适应能力极强,寄主范围很广。