防治菌核病较好的药剂是菌核净、乙烯菌核利和速克灵的500倍液，其次是甲基托布津、多菌灵或甲基托布津加多菌灵1∶1混合剂的500倍液，在开花末期开始喷药，10天后再喷1次，对防治盘腐型菌核病有较好效果。药剂防治用种子重量0.32%的50%腐霉利或40%菌核净可湿性粉剂拌种。花盘期喷洒40%纹枯利可湿性粉剂800～1200倍液或50%农利灵(乙烯菌核利)可湿性粉剂1000倍液、50%腐霉利可湿性粉剂1500～2000倍液、70%甲基硫菌灵1000倍液、60%防霉宝超微可湿性粉剂1000倍液，重点保护花盘背面。为防止该病菌对油葵的影响，一般采用药物防治法，主要方法是使用12.5%烯唑醇可湿性粉剂兑水稀释至600倍，或者50%多菌灵可湿性粉剂兑水稀释至500～800倍，50%咪鲜胺锰盐可湿性粉剂兑水稀释1000倍，或者40%菌核净可湿性粉剂兑水稀释800～1000倍喷雾，7～10d为一阶段，一阶段喷洒2次。