马铃薯病害主要分为真菌病害、细菌病害和病毒病。其中由真菌引起的马铃薯晚疫病是世界上最主要的马铃薯病害，几乎能在所有的马铃薯种植区发生。通常说的种薯退化即为不同病毒引起的多种病毒病所造成。马铃薯主要病害包括马铃薯晚疫病、早疫病、环腐病、疮痂病、软腐病、枯萎病、青枯病、黑胫病、黑痣病、黄萎病、根腐病、粉痂病、白绢病、炭疽病、灰霉病、干腐病、银腐病、小叶病、癌肿病、尾孢菌叶斑病、根腐线虫病。
马铃薯害虫分地上害虫和地下害虫，其中比较主要的有马铃薯块茎蛾、蚜虫、二十八星瓢虫、蓟马、红蜘蛛、豆芫菁等。地下害虫包括蛴螬、蝼蛄、金针虫、地老虎。
