新鲜的人粪尿中含有大量病菌、毒素和寄生虫卵，如果未经腐熟而直接施用，会污染作物，易造成病从口入，需经高温堆沤发酵或无害化处理后才能施用。未腐熟的畜禽粪便在腐烂过程中会产生大量的硫化氢等有害气体，易使作物种子缺氧窒息；腐烂过程中产生的大量热量易使作物种子烧种或发生根腐病，不利于作物种子萌芽生长。
未发酵的畜禽粪便施到农田，因为发酵不彻底，会发生“二次发酵”的现象，发酵产生的热量会影响作物生长，引起“烧根、烧苗”，严重时会导致植株死亡。粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人的身体健康也会产生影响；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，导致植物病虫害的发生。
未腐熟的粪便在分解的过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤。未腐熟的粪便在分解的过程中会消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性地处于缺氧状态，在这种缺氧状态下，会使作物生长受抑制。在传统堆沤粪便的过程中，由于自然分解、风吹雨淋等原因，氮磷钾等养分浪费流失十分严重，一般利用率只有50%。未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态才能被作物吸收利用。所以，未发酵直接施用会使肥效减慢。