小麦赤霉病的防治方法主要是以选用抗菌品种为基础，以药剂拌种作为重要措施，以农业防治紧抓不放，以化学防治为重点，确保小麦丰产丰收。首先要选种抗病品种、做好种子消毒，合理轮作倒茬、建立科学合理的青耕制度，加强田间管理、控制田间湿度、严防田间积水，然后用腐霉利、甲基托布津、瑞毒霉等农药田间喷雾防治。在种植时要提前做好深耕工作，减少病菌来源。在小麦扬花之前要做好预防工作，可选用多菌灵、戊唑醇等杀菌药剂，用药一般是5-7天一次，喷药后下雨要及时补喷。
杀菌剂可选用吡唑醚菌酯、戊唑醇、己唑醇、氰烯菌酯、丙环唑等单剂，或丙硫·戊唑醇、氰烯·戊唑醇、甲硫·戊唑醇、戊唑·咪鲜胺等复配制剂。杀虫剂可选用高氯·吡虫啉、高氯·噻虫嗪、吡虫啉、高效氯氟氰菊酯、噻虫嗪等。叶面肥可选用磷酸二氢钾(每亩50-100克)。生长调节剂可选用芸苔素内酯(按厂家标定量使用，不可加量或减量)。小麦赤霉病防治关键是见花用药，正常在初花期用第一次药，隔5-6天用第二次药。如遇阴雨应提前防治，品种根据各地情况来选择。
