商品有机肥的长效性不能代替化学肥料的速效性，必须根据不同作物和土壤，再配合尿素、配方肥等施用，才能取得最佳效果。商品有机肥施用方法一般做基肥和种肥使用为主，在作物栽种前将肥料均匀撒施，耕翻入土或者配合化肥做种肥播前带入，要注意防止肥料集中施用发生烧苗现象。商品有机肥做追肥使用时，一定要及时浇足水分。在高温季节旱地作物上使用时，一定要注意适当减少施用量，防止发生烧苗现象。要注意商品有机肥的酸碱度(pH值)，在不同土壤环境下应注意其适应性和施用量。生物有机肥料必须深施入土，防止阳光直接照射杀伤微生物。生物有机肥料最好集中使用在作物根部，微生物在作物根系周围形成有益生态环境，促进作物生长。肥料包装袋打开以后不宜放置太久，应尽早施用，因为有机肥贮存过久会影响肥效，最佳贮存时期一般不要超过6个月。生物肥不能与杀虫剂、杀菌剂、除草剂等农药混合，如一定要用，生物肥应提前或延后72小时使用。生物有机肥可以增加土壤有机质、养分含量，提高土壤肥力，同时还可以改善土壤微生物种群结构、增加微生物数量、提高土壤生物活力，进一步提高土壤质量。生物有机肥根据作物的不同选择不同的施肥方法，常用的生物有机肥使用方法有：种施法：机播时。