畜产品中四环素类、磺胺类等残留超标可能引起过敏反应，并对国际贸易产生危害。兽用抗菌药残留需长期蓄积达到一定“量”后才会产生特定危害，存在“剂量依赖关系”。找到“量的阈值”是兽药残留风险监控的关键。
毒性作用方面，人长期摄入含兽药残留的动物性食品可造成药物蓄积，达到一定浓度后会对人体产生毒性作用。例如，1998年香港的盐酸克伦特罗（瘦肉精）中毒事件，因内地销往香港和深圳特区的商品猪肉中含有盐酸克伦特罗残留，导致数十人发生心脑疾病。
过敏反应方面，牛奶类食品中的青霉素类、四环素类和某些氨基糖苷类抗生素等残留会引起易感人体产生过敏反应，轻者出现皮肤瘙痒和荨麻疹，重者引起急性血管性水肿和休克，甚至死亡。此外，兽药残留还具有三致作用，即致癌、致畸、致突变作用，并可能导致病原菌产生耐药性，影响胃肠道菌群和生态环境质量。