在小麦齐穗至扬花初期，应加强田间管理，及时清除杂草，保持通风透光，减少穗部潮湿环境，避免病菌滋生。定期观察田间，发现病害初期症状及时采取防治措施。若预防无效，需在小麦抽穗初期喷施多菌灵、环丙沙星等杀菌剂，根据病情和药剂浓度、频次合理调配。小麦赤霉病的防治以选用抗菌品种为基础，药剂拌种为重要措施，农业防治紧抓不放，化学防治为重点，确保小麦丰产丰收。
小麦赤霉病一般在4月中旬抽穗、扬花期发生，具体时间因地区气候差异而异。用药最佳时期为小麦扬花初期，即5%植株扬花时。若抽穗期温度低、日照少，小麦先抽穗后扬花，宜在始花期用药；若遇连阴雨天气，赤霉病可能流行，应雨隙多次喷药，宁早勿晚；若抽穗期天晴、温度高，麦子边抽穗边扬花，齐穗期即可用药。防治最佳时期为抽穗扬花期，遵循“见花打药”原则，一天中最佳打药时间为下午5点后，避开小麦开花高峰期。晴天见花打药，阴天穗抽出后喷药，下雨天不喷药。
