辣椒病毒病发生后造成辣椒“三落”(落花、落叶、落果)，田间症状十分复杂。最常见的有两种类型，其一为斑驳花叶型，所占比例较大，这一类型的植株矮化，叶片呈黄绿相间的斑驳花叶，叶脉上有时有褐色坏死斑点，主茎和枝条上有褐色坏死条斑。植株顶叶小，中、下部叶片易脱落。其二为黄化枯斑型，所占比例较小，植株矮化，叶片褪绿，呈黄绿色、白绿色甚至白化。植株顶叶变小，狭长，中、下部叶片上常生有褐色坏死环状斑(褪绿变黄的组织上由许多褐色坏死小点组成环状斑)，有时病斑部开裂，病叶极易脱落。后期腋芽抽生丛簇状细小分枝。
辣椒病毒病危害症状常见的有3种类型。花叶型：黄绿相间的斑驳花叶，皱缩或褐色坏死。条斑型：叶片主脉褐色坏死，后扩展到侧枝主茎，出现系统性坏死条斑，造成早期落叶、落花、落果，严重时整株枯死。叶片畸形和丛枝型：叶脉褪绿，出现斑驳，花叶，叶片增厚，上卷，变窄呈线状，茎节间缩短，有时枝条丛生，后期植株矮化，果实上呈现深绿和浅绿相间的花斑，有疣状突起，病果畸形，易脱落。
