病菌厚垣孢子粘附在种子上或遗落在土壤中传播。种子萌发时厚垣孢子即萌发,产生先菌丝,先菌丝上产生小孢子,不同性系的小孢子融合后形成侵染丝侵入幼芽鞘,在组织内蔓延至穗部而发病。据试验,湿土中播种较干土中发病重。甘肃农民经验,将糜种贮藏于潮湿处较挂藏发病重。浸种后阴干较晒干的发病重。地温较高的砂地和下午播种者较地温稍低或上午播种者发病重。散黑穗病是花器侵染病害,一年只侵染一次。带菌种子是病害传播的唯一途径。病菌以菌丝潜伏在种子胚内,外表不显症。当带菌种子萌发时,潜伏的菌丝也开始萌发,随小麦生长发育经生长点向上发展,侵入穗原基。孕穗时,菌丝体迅速发展,使麦穗变为黑粉。厚垣孢子随风落在扬花期的健穗上,落在湿润的柱头上萌发产生先菌丝,先菌丝产生4个细胞分别生出丝状结合管,异性结合后形成双核侵染丝侵入子房,在珠被未硬化前进入胚珠,潜伏其中,种子成熟时,菌丝胞膜略加厚,在其中休眠,当年不表现症状,次年发病,并侵入第二年的种子潜伏,完成侵染循环。