辣椒的病害主要有猝倒病、疫病、炭疽病、病毒病、灰霉病、疮痂病、青枯病等；生理性病害主要有日烧病、脐腐病及生理性三落病等；主要虫害有烟青虫、白粉虱、茶黄螨、茄无网蚜等。种植朝天椒需要注意青枯病、病毒病、软腐病、霜霉病、炭疽病、白粉病、蚜虫、螨虫、斜纹夜蛾、菜青虫、蚧壳虫等。春季易发生蚜虫和立枯病。定植后，随天气转暖，田间杂草繁生，这是蚜虫寄生的主要场所。及时中耕、除草，既可消灭蚜虫，又可增加土壤通气性。越夏时要注意防止病毒病、疫病和螨类、鳞翅目害虫的危害。主要病害有病毒病、炭疽病、辣椒灰霉病、辣椒脐腐病等，可用椒病净600倍液防治；病毒病可用病毒神杀600倍液喷雾防治；根腐病可用75%敌克松800倍液灌根。蚜虫可用毙蚜、拔毒蚜1500倍液喷雾防治，棉铃虫、玉米螟、烟青虫、甜菜夜蛾可用杀虫快1000～1500倍液防治。落花落果有多方面原因，如高温、低温、干旱、缺肥、徒长、病虫害等，使用辣椒生长动力源可起到多生根、促壮苗、多开花、多坐果、解药害防病害的作用，使用方法为每50毫升兑水30千克喷雾。病毒病由蚜虫传播，从苗期开始要定期防治蚜虫，发病初期选用高锰酸钾、萘乙酸、植病灵等喷雾防治。炭疽病选用50%甲基托布津、百菌清等防治。