引起茎腐病的原因有多种，最重要的一类是真菌型茎腐病。真菌茎基腐病是由多种病原菌单独或复合侵染造成根系和茎基腐烂的一类病害，主要由腐霉菌、炭疽菌、镰刀菌侵染引起，在玉米植株上表现的症状有所不同。其中腐霉菌生长的最适温度为23～25℃，镰刀菌生长的最适温度为25～26℃，在土壤中腐霉菌生长要求湿度条件较镰刀菌高。
细菌性茎腐病的病原菌在田间的病残体上越冬，翌年成为主要的初侵染源。田间的病菌通过气流、风力、雨水等媒介进行传播蔓延，主要从伤口、叶鞘侵入植株体内。玉米螟、棉铃虫等害虫会携带病菌传播病害，造成的伤口会为此病害的蔓延提供有利条件。连续重茬导致土壤中存在大量的病原菌。种植密度过大、过量施用氮肥、地势低洼、田间通风不良、排水不畅也会容易发病。
真菌性茎腐病在降雨后，田间湿度较大，茎基部、叶鞘间出现积水，继而发生病害。种植密度过大、氮肥施用量过多、植株身上有各种损伤，导致病情加重。连续重茬，土壤中积累了大量的病原菌，导致发病较重。种植地低洼积水也容易发生此病害。
