综合防治措施包括轮作、深耕，有条件可与水稻或禾本科作物轮作。施用有机肥或腐熟的农家有机肥，避免偏施氮肥。豆类不耐涝，浇灌时避免大水漫灌，冬季浇水应根据天气状况，晴天适当多浇，阴天或阴雨天少浇或不浇，最好在10点后或3点前以小水灌溉。大棚种植时，浇水后头两天易增加棚内湿度，需合理通风降温，防止诱发病害，通风宜在中午气温较高时进行。菜豆菌核病由核盘菌引起，病菌寄主广泛，包括所有蔬菜和豆类作物。病菌以菌核在土中越冬，在5〜25°C和潮湿环境下萌发，产生子囊盘及子囊孢子，借气流传播侵染。病部菌丝与健部接触也能侵染，混有菌核的未腐熟肥料具有传病作用。蔓生菜豆开花结荚后田间郁闭、高湿，有利于菌核萌发和子囊孢子侵染。