温度在15～28℃，相对湿度在75%以上，有利于病菌的侵染和流行。高温多雨、生长后期遇低温多雨、玉米虫害发生偏重等均利于穗腐和粒腐病发生。病原菌的传播方式因病原菌不同而不同，曲霉菌可由昆虫传播，镰刀菌可通过土壤传播，由根到玉米的穗部进行系统侵染。病菌在种子、病残体上越冬，为初侵染源，主要从伤口侵入，分生孢子借风雨传播。
防治方法包括：选择抗病品种；折断果穗霉烂顶端，防止再次扩展；早脱粒，防霉变；处理玉米秸秆，压低初侵染源。药剂防治可使用多菌灵、苯醚甲环唑或乙蒜素等。此外，应实行轮作，清除并销毁病残体；适期播种，合理密植，合理施肥，促进早熟，注意虫害防治，减少伤口侵染的机会。玉米成熟后及时采收，充分晒干后入仓贮存。药剂拌种及药剂防治可参照玉米干腐病的防治方法。
