真菌性立枯病在发芽期感病会出现芽腐,芽跟呈灰褐色有腐烂迹象,立针至二叶其表现为茎基部变色腐烂,三叶之后表现为黄枯,叶片上有黄褐色斑点,秧苗生长发育慢,心叶卷曲。生理性立枯病一般2叶后发病,3叶时期发病最重,最初发病阶段叶片呈青色,随病情加重,叶片向内卷,严重时呈筒状,且叶尖在清晨吐水现象少,新根停发,老根脱水变褐,若不及时治疗,秧苗枯死。芽腐水稻播种后幼苗出土前或刚出土时发生,幼芽或幼根变褐,病芽扭曲、腐烂而死亡。针腐多发生于幼苗立针期至两叶期,稻苗基部变褐,茎基软弱,易折断,茎基有霉层,秧田中常成簇成片发生与死亡。黄枯多发生于幼苗一叶一心至三、四叶期,从下部叶片至心叶,从叶尖至叶基依次变黄萎焉,心叶仅残留少许青色,卷曲,易拔断,常在秧田中成簇发生。青枯多发生幼苗两叶一心期以后,病秧先不吐水,成簇成片青枯,心叶及上部叶片纵卷成针状,全株枯死。秧苗在2~3叶期时胚乳将近耗尽,抗寒力差,日平均气温低于12~15~C则生育受阻,抗病性显着削弱,病菌易侵入,此时若遇低温阴雨易发生立枯病。所以,旱育秧苗2~3叶期是立枯病流行的主要时期。