空心菜菌核病的病原菌遗留在土中，混杂在种子中越冬或越夏。混在种子中的病原菌，随播种带病种子进入田间，遗留在土中的病原菌(菌核)遇有适宜温湿度条件即萌发产出子囊盘，放散出子囊孢子，随风吹到衰弱植株伤口上，进行初侵染。