辣椒斑枯病病菌以菌丝体和分生孢子器在病残体、多年生茄科杂草上或附着在种子上越冬，成为翌年初侵染源。一般分生孢子器吸水后，器内胶质物溶解，分生孢子借风雨传播或被雨水反溅到辣椒植株上，从气孔侵入，后在病部产生分生孢子器及分生孢子，扩大危害。病菌发育适温22-26摄氏度，12摄氏度以下28摄氏度以上发育不良。高温条件有利于分生孢子从器内溢出，适宜相对湿度92%～94%，若湿度达不到则不发病。如遇多雨天气，特别是雨后转晴及辣椒植株生长衰弱、肥料不足时容易发病。
病菌以厚垣孢子在土壤中越冬，通过灌溉水传播，从茎基部或根部的伤口、根毛侵入，致使叶片枯萎。田间积水、偏施氮肥的地块发病重。在适宜条件下，发病后15天即有死株出现，潮湿，特别是雨后积水条件下发病重。
