番茄酸腐病主要危害迟收过熟的果实，尤其是有伤口的果实更容易感染。初期病果局部或整体软化，表皮逐渐变褐，呈现湿腐状，并伴有轻微皱缩和裂纹。在湿度较大的条件下，病部表面或裂缝中会长出稀疏的白霉，即病原菌的菌丝或分生孢子梗。最终，病果腐败流水，病部易开裂，并散发出酸臭味，与软腐病有所区别。
为了预防番茄酸腐病，应适当降低西红柿的种植密度，实行稀植。西红柿种植后，一旦开始开花，植株底部会依次开花。西红柿花朵较小，但叶子茂盛。对于所有开花结果的蔬菜品种，尤其是喜光喜高温的西红柿，良好的通风透光条件至关重要。这不仅有利于开花坐果，还能促进果实着色成熟，并积累更多的西红柿素。
