番茄的主要害虫包括蚜虫、红蜘蛛、斑潜蝇、烟青虫、棉铃虫、白粉虱、夜蛾、樱螨、叶螨等。这些害虫会危害番茄的叶片和果实，影响产量和品质。番茄种植中还存在多种病害，如病毒病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、早疫病、溃疡病、青枯病、猝倒病、立枯病、脐腐病、裂果病、畸形果、疮痂病、炭疽病、根腐病、枯萎病等。在南方种植的番茄病害较多，如青枯病、炭疽病、立枯病等，往往在结果期导致整株枯死，江浙沪皖地区最好采用高畦避雨栽培。
防治番茄病虫害的综合措施包括清除病残体和杂草，及时摘除病叶和果实并深埋处理；使用杀虫剂和杀菌剂进行预防和治疗；加强田间管理等。此外，喷施硼肥与生长调节剂可促进恢复生长，特别是针对迟播区油菜地上生物量不足、抗逆性差等问题，可采用无人机喷施氟唑菌酰羟胺或戊唑醇可湿性粉剂。
