幼芽出土期间的土壤温湿度、播种深度、出苗快慢、土壤中病菌含量等，与玉米丝黑穗病的发生程度关系密切。此病发生适温为20℃～25℃，适宜含水量为18%～20%，土壤冷凉、干燥有利于病菌侵染。促进幼芽快速出苗、减少病菌侵染机率，可降低发病率。玉米丝黑穗病只有苗期的初侵染，而无田间的再侵染，故发病轻重取决于品种的抗病性和土壤内越冬菌源数量以及播种和出苗期间环境因素的影响。
不同玉米品种对丝黑穗病的抗性存在明显差异。玉米丝黑穗病菌越冬场所主要是在土壤里，重茬连作造成土壤中菌源大量积累，导致病害逐年加重。连作年限越长，发病越重。该病以土壤带菌传病为主，而且多在幼苗期侵染，因此播种至出苗期间的土壤温、湿度条件，与发病的关系最为密切。土壤温、湿度条件既影响玉米种子的发芽、生长，也影响病菌冬孢子的萌发和侵染。一般侵染的适温与玉米幼苗生长的适温一致，均在25℃左右。
感病品种的大量种植，是导致丝黑穗病严重发生的因素之一。另外，病原菌可能出现新的生理小种，导致原来抗病的品种丧失抗性。长期连作致使土壤含菌量迅速增加。据报道，如果以病株率来反映菌量，那么土壤中含菌量每年可大约增长10倍。使用未腐熟的厩肥。据试验，施猪粪的田块发病率为0.1%，而沟施带菌牛粪的田块发病率高达17.4%～23%，铺施牛粪的田块发病率为10.6%～11.1%。种子带菌未经消毒、病株残体未被妥善处理都会使土壤中菌量增加，导致该病的严重发生。
玉米播种至出苗期间的土壤温、湿度与发病关系极为密切。土壤温度在15～30℃范围内都利于病菌侵入，以25℃最为适宜。土壤湿度过高或过低都不利于病菌侵入，在20%的湿度条件下发病率最高。另外，海拔越高、播种过深、种子生活力弱的情况下发病较重。侵染温限15～35℃，适宜侵染温度20～30℃，25℃最适。土壤含水量低于12%或高于29%不利其发病。
