谷瘟病的发病症状一般体现为穗颈瘟、叶瘟和鞘瘟。穗颈瘟表现为褐色斑点从上到下扩散，最终变为黑褐色，导致穗子衰敗致死。叶瘟症状为叶片和叶鞘上出现褐色病斑，呈出水浸状，后变为周边褐色梭形、中间白色的斑，温差大时背面出现灰色霉层，严重时叶片枯死。鞘瘟表现为椭圆黑褐色病斑，多个病斑融合形成大斑，导致叶鞘死亡。严重时在抽穗前后易产生界瘟，界瘟表现为节部出现黄褐色病斑，但不会导致枯死。穗瘟出现后，主轴也会出现病害，小穗出现白枯死症状。
小麦纹枯病主要发生在叶鞘及茎杆上。叶鞘发病初期出现淡黄色小斑点，后发展为黄褐色梭形或眼点状病斑，逐渐扩大并向内侧延及茎杆，导致茎节腐烂，幼苗猝倒、死亡。中期至后期，叶鞘上的梭形病斑相互连结形成云纹状花纹，中间淡黄褐色，周围有棕褐色环圈，病斑可沿叶鞘向植株上部扩展。茎杆在湿度大时，病斑向内侧扩展引起烂茎，形成枯孕穗或枯白穗。病斑表面产生白色霉状物，逐渐形成褐色小颗粒状菌核，大小为1-2毫米。病菌也可侵害根部，导致幼苗根系褐色，重病苗死亡，轻病苗可生出新根。病苗地上部矮小，叶片小且挺直，暗灰蓝色。病状主要发生于叶鞘和茎秆上，叶鞘上病斑梭形，纵裂，扩大连片形成烂茎，导致枯孕穗或白穗，结实少，子粒秕瘦。
