可以使用多菌灵、烯唑醇、咪酰胺、克百菌等农药品种防治小麦赤霉病，也可以施加磷酸二氢钾溶液、腐殖微酸肥等元素药剂同时防治伴生病症。对于病害较为严重的地段，需要施加两次药剂。20%烯肟-戊唑醇(10%烯肟菌胺+10%戊唑醇)是一种内吸性杀菌剂，具有预防和治疗作用，可预防小麦锈病、赤霉病、白粉病等病害。可在小麦扬花前喷施一次烯肟-戊唑醇悬浮剂20-25毫升/每亩，间隔10天左右喷施第二次，可有效控制赤霉病的发生。
农业防治方面，秋耕适当加深，消灭稻桩，减少菌源。加强麦田管理。药剂防治可用50%二硝散一斤，加水200斤，调匀喷雾。在齐穗扬花期用50%多菌灵，或70%甲基托布津可湿性粉剂800－1200倍液喷雾，每亩100千克，可以有效地防止病害流行，一般用药1－2次。用多福合剂(含25%多菌灵、15%福美双)500倍液喷雾，可以兼治散黑穗病；用40%灭菌丹可湿性粉剂200－300倍液喷雾，可以兼治麦类秆锈病；用禾枯宁可湿性粉剂不仅可以有效地防治赤霉病，还可兼治白粉病等病害。在喷洒杀菌剂时加入600－800倍的粮食专用型“天达2116”可显著提高防病效果，提高作物抗逆能力和产量。
防治小麦赤霉病，推广选用氰烯菌酯、丙硫菌唑、戊唑醇等单剂及其复配剂，停止使用病菌对其产生抗性的多菌灵单剂及其复配剂，慎用刺激毒素产生的甲氧基丙烯酸脂类杀菌剂。注意轮换用药，可以延缓抗药性产生、提高防治效果。从近几年生产上的应用情况看，氰烯菌酯单剂“劲护”及其与戊唑醇、己唑醇的混配剂“劲兴”48%氰烯·戊唑醇悬浮剂、“实粒”20%氰烯·己唑醇悬浮剂，戊唑醇与咪鲜胺、甲基硫菌灵、百菌清、福美双、噻霉酮的混配剂戊唑·咪鲜胺(“穗安”“赞米尔”“盈辉百润”等)、甲硫·戊唑醇(“龙灯稳达”等)、戊唑·百菌清(“盛凯隆”等)、戊唑·福美双(“其美”“粒满堂”等)、戊唑·噻霉酮(“勇护”)等药，是防治小麦赤霉病的高效药，适期足量使用对小麦赤霉病有良好防效。
