病菌以菌丝体潜伏于种子内外以及病株残体上越冬。如病残体腐烂，体内的菌丝体随之死亡。分生孢子亦能在病株残体上越冬，其存活力随土壤湿度的提高而下降。种子和田间病残体上的病菌均为苗期侵染来源，尤其是种子内部带菌更为主要。当气温回升到16℃左右，病组织及残体所产生的分生孢子借风雨传播，在温度和湿度适合条件下，病菌直接侵入或由伤口和气孔侵入。直接穿透侵入时，芽管与叶面接触后顶端膨大，形成球形附着胞，穿透叶片角质层侵入叶片内；由伤口和气孔侵入时，芽管不形成附着胞直接侵入。在25℃下病害潜育期5天。气候潮湿和温度适合，发病后不久病斑上便产生分生孢子，进行多次再侵染。
小麦根腐病主要以菌丝体潜伏在种子内和病残体中越夏、越冬，种子表面也可携带病原菌分生孢子，散落于土壤中的分生孢子也能休眠越冬或越夏。病菌在种子中可存活多年。一般在小麦播种后，种子和土壤中的病菌侵染幼芽和幼苗，造成芽腐和苗腐。越冬或越夏病残体新产生的分生孢子，以及上一季残留的分生孢子亦可随气流或雨滴飞溅传播，侵染麦株地上部位，产生叶斑和叶枯。在生长季节内发病部位产生分生孢子，借风雨传播，发生多次再侵染，病部逐渐上移，最后侵染穗部和种子。
