大豆菟丝子的防治方法包括农业防治和清选种子、轮作、深翻等措施。农业防治方面,首先应精选种子,防止菟丝子种子混入。其次,深翻土地20厘米以上,将菟丝子种子深埋,以抑制其萌发,减少侵染源。此外,摘除菟丝子藤蔓,带出田外烧毁或深埋。在菟丝子幼苗未长出缠绕茎以前进行中耕锄地,可有效锄灭幼苗。轮作也是一种有效方法,特别是在菟丝子为害重的地方,可实行与玉米轮作或间作。施用经高温发酵处理的有机肥,可使菟丝子种子失去发芽力。菟丝子以成熟种子脱落在土壤中休眠越冬,次年春末初夏,当温湿度适宜时种子在土中萌发,长出淡黄色细丝状的幼苗,随后不断生长,藤茎上端部分作旋转向四周伸出,当碰到寄主时,便紧贴在上缠绕,不久在其与寄主的接触处形成吸盘,并伸入寄主体内吸取水分和养料。清选种子方面,菟丝子种子很小,用过筛方法很容易消除混于大豆种子中的菟丝子种子。轮作方面,菟丝子一般不寄生禾本科作物,因此与禾本科作物轮作可以减轻危害。深翻方面,菟丝子种子小,幼苗生长细弱,幼苗出土能力低,种子在土表7厘米以下不易发芽出土,深翻可大量减少菟丝子幼苗出苗率。