针对当地主要毒原，因地制宜选用抗菌品种。实行无病毒种子生产，播种前用清水浸种3~4小时，再放入10%磷酸三钠溶液中浸40~50分钟，捞出后用清水冲净后催芽播种。定植用地要进行两年以上轮作，结合深翻，促使带毒病残体腐烂；有条件的施用石灰，促使土壤中病残体上的烟草花叶病毒钝化。选用未种过西红柿或未发生西红柿病毒病的田块，一定要进行深耕。避免多年连作，减少西红柿病毒病土壤和残留物的传毒，减轻病毒病的发生；育苗地和栽植棚地应彻底清除带毒杂草、病株，减少病毒病的毒源；推广配方施肥技术。
采用配方施肥技术，喷施爱多收6000倍液或植保素7500倍液，增强寄主抗病力。适期播种，培育壮苗，定植时要求带花蕾，但又不老化；适时早定植，促进壮苗早发；中耕锄草，及时培土，促进发根，晚打杈，早采收。发病初期喷洒2％宁南素水剂500倍液或3.85％三氮唑核苷·铜·锌水乳剂500倍液。提倡采用防虫网，防治蚜虫传毒，尤其是高温干旱年份要注意及时喷药治蚜，预防TMV侵染。育苗地和栽植地应尽早用10%可湿性粉剂蚜虱净防治杂草以及周边的带毒蚜虫、粉虱等，杜绝蚜虫、粉虱等昆虫媒介传播，可有效地预防病毒侵染，减轻西红柿病毒病的发生。用1.5%植病灵800倍液或20%的病毒A600倍液于幼苗期喷2次，花后每10天喷1次，连喷3~4次。
