用凉水泡木耳3~5天都不会坏，但需每天更换一次水。若用热水泡，则不宜存放超过1天，因热水会使木耳中的胶状组织失活，长时间浸泡会导致营养流失。泡太久的木耳不建议食用，不仅营养流失严重，还容易滋生细菌，影响健康。凉水浸泡黑木耳3~4小时最佳，此时木耳涨发率最高，适合凉拌、炖煮或炒菜；热水浸泡则控制在20分钟左右，避免木耳过度烫化、绵软发粘及营养流失。
绿色木霉菌广泛存在于自然界，包括绿色木霉菌、康氏木霉菌、木素木霉菌。其分生孢子可通过空气传播，适合在高温、高湿和偏酸性条件下生长。袋料栽培黑木耳时，孢子可能随木屑、麸皮、玉米芯等培养料进入，并在生长势弱的子实体上形成菌落。感染初期，培养料、椴木接种孔或子实体上会出现白色纤细菌丝，几天后形成分生孢子，菌落变为绿色、粉状。采耳后的耳根易受绿霉菌感染。
