在种植时宜选择抗病品种，并实行轮作，在发病时及时拔除病株，并选用甲霜灵锰锌可湿性粉剂或敌克松等药剂进行喷施防治。在定植时或定植后和预期病害常发期前，将高科30%甲霜恶霉灵600倍液或枯草芽孢杆菌(倍乐溴)或38%噁霜嘧铜菌酯800倍液加青枯立克按600倍液稀释，进行灌根，每7天用药1次，用药次数视病情而定。苗床在移栽前用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液均匀喷雾。移栽后1个月内，零星发病时，用高科30%甲霜恶霉灵600倍液喷雾叶面或去掉喷头喷淋茎基。或在移栽时，每亩用95%敌克松100～200克拌细土5千克，将药土撒施于烟株茎基周围，并用土封实。移栽后或培土前可喷58%甲霜灵锰锌、95%敌克松可湿性粉剂500倍液。此外，乙磷铝、杀毒矾等新型高科药剂对黑胫病也有较好的防治效果。烟草黑胫病的防治方法包括选种抗病品种、与禾本科作物及甘薯轮作3年以上或水旱轮作、推广高垄栽培育苗、适时早栽避开雨季、及时中耕除草、注意排灌结合降低田间湿度、及时拔除病茎病叶烧掉或深埋以及药剂防治。烟草黑胫病主要危害根系和烟茎基部，特殊条件下可以直接侵染叶片和茎杆，苗期发病时首先在烟株茎基部产生黑斑，或从底叶发病向上蔓延到茎。