防治冬瓜绵疫病，应采取以预防为主的综合措施。农业防治方面，与非瓜类作物实行2-3年以上轮作；幼苗期及时划锄松土，促进发根，使植株生长健壮，增强抗病性；生长期适当控制肥水，严防大水漫灌，特别是冬瓜“上霜”后，要停止浇水，雨后注意及时排水；发现中心病株、病瓜及时拔除深埋，并在病株及其周围健株旁撒布生石灰消毒，控制蔓延。定植前施用酵素菌沤制的堆肥或充沛腐熟的有机肥，肥料缺乏的可穴施；成长期尽量少追或不追施速效氮肥，苗期当令中耕松土，以促发根和保墒，甩蔓后及时盘蔓、压蔓；生育期内尽量少洒水，遇有大暴雨后要及时排水。沉痾地实施3年以上轮作。发现病瓜及时去除，携出田外深埋或沤肥，秋季拉秧后要注意清洁田园，及时耕翻土地。
化学防治方面，在病害常年发生期前或刚开始发生时，用1：0.5：240波尔多液、80%代森锌600-800倍液、75%百菌清500-750倍液等，每隔5-7天喷一次，连喷2-3次，效果良好；喷药时，要重点保护果实。发病初期可喷洒27原铜崇高悬浮剂600倍液或1：0.5-1：240倍式波尔多液、77可可杀得可湿性微粒粉剂500倍液。还可采用以下杀菌剂或配方进行防治：69%烯酰·锰锌可湿性粉剂1000-1500倍液；72.2%霜霉烕水剂600-800倍液+75%百菌清可湿性粉剂600-800倍液；50%氟吗·乙铝可湿性粉剂600-800倍液+70%代森锰锌可湿性粉剂800-1000倍液；53%甲霜灵·锰锌水分散粒剂600-800倍液；70%丙森锌可湿性粉剂600-800倍液；60%琥铜·乙铝·锌可湿性粉剂500-800倍液兑水喷雾防治，视病情隔7-10天1次。
