病菌侵染是造成辣椒死苗的主要原因。连作重茬会导致土壤中的病菌不当积累，基数增多，病菌从根部或者茎基部伤口侵入。种子或种苗带菌是病害远距离传播的主要途径，也是新菜田发病的初侵染源。育苗方式不对，一般用农家肥的地块虫害较多，地下害虫会对辣椒幼苗直接造成伤口，加强病菌的侵染，从而造成辣椒死棵。
化肥施用过多，盲目加大化肥施肥量，会导致土壤浓度过大，根系会裂口、变细，甚至导致辣椒苗烧苗、死棵。有机肥未腐熟产生氨气，未腐熟的有机肥在施用时会产生氨气，辣椒苗茎叶会中毒，导致辣椒苗死棵现象的发生。水分过多或过少，夏季为控制辣椒苗徒长，会控制水分，但是当土地温度高于40度时，叶片的蒸腾作用加大，根系吸水能力很低，这时候水分缺失就会造成辣椒苗死棵。
冻害，冬季定植辣椒苗，可能会因冻害造成辣椒苗死棵现象的发生，除了做好一系列保温措施，保持土壤干燥也是很有必要的。实验表明，水分可以保持一定的温度，比空气的保温能力强。根系太浅，如果遇到连续阴天，辣椒苗根系就会萎缩，吸水能力会弱，放晴后土壤高温加强光，植株会脱水，然后倒伏，进而死亡。害虫，土壤中携带的各种害虫，会将根系咬断，致使辣椒苗死棵。
